Zgodovina cerkve Sv. Janeza Krstnika v Zgornjem Brniku je bogata in sega daleč nazaj v preteklost, prepletajoč arheološke najdbe, srednjeveško gradnjo in baročno preobrazbo. Obnovitvena dela na stavbi leta 2000 so odkrila pomembno arheološko najdišče - staroslovansko grobišče s konca 9. ali začetka 10. stoletja. Ta odkritja nudijo dragocen vpogled v zgodnje naseljevanje in verske prakse na tem območju.
Arheološke najdbe in zgodnji temelji
Do sedaj je bilo izkopanih šest skeletov, ki so bili odkriti vzhodno od zakristije, z glavami položenimi tik ob temeljih. Ta lega grobov, ki je neposredno ob temeljih, nakazuje, da so temelji starejši od samih grobov. V zgodnjem srednjeveškem obdobju so namreč praviloma pokopavali le ob cerkvah, kar dodatno potrjuje starost temeljev. Poleg tega je gotski zvonik prizidan neki že obstoječi stavbi, kar izpričuje njegova zidava. Vse te ugotovitve kažejo na veliko verjetnost, da je že v drugi polovici 9. stoletja na tem mestu stala zidana cerkev s pravokotnim prezbiterijem.
Srednjeveška cerkev in zavetništvo Janeza Krstnika
Celotna arhitekturna postavitev, vključno s cerkvijo in grobovi, je bila usmerjena proti vzhodišču sonca na praznik mučeništva Janeza Krstnika. Ta usmeritev izpričuje njegovo zavetništvo že od samega začetka obstoja cerkve. Cerkev je bila prvič pisno izpričana leta 1404. Že kmalu za tem, okoli leta 1430, jo je močno prezidala delavnica, ki je bila odgovorna za gradnjo lupine ladje in zvonika kranjske mestne cerkve. To povezavo potrjuje na zunanjščini vzidan sklepnik z odsekano glavo Janeza Krstnika na krožniku, ki je prvotno krasil teme prezbiterijskega oboka.
Baročna preobrazba in nova cerkev
V baročnem obdobju je ob star zvonik zrasla nova cerkev. Zaradi poplav je bila stavba dvignjena na nasut plato, medtem ko sta bili stavbi glede na staro zasukani osi. Nova os je sedaj usmerjena na južno stran. Gradnja nove cerkve se je začela leta 1741, čez dve leti, leta 1743, pa je bila cerkev že posvečena. Cerkev ima kvadratno ladjo s posekanimi vogali. Proti severu se nahaja kor z orglami Petra Rumpla, ob straneh pa kapeli s stranskima oltarjema svete Ane in svetega Marka, ki izhajata iz leta 1762. Na jugu je prezbiterij z glavnim oltarjem iz leta 1759.
Notranjščina in umetniška oprema
Elegantna notranjščina cerkve je členjena z venčnim zidcem in s pilastri pravokotnega in polkrožnega prereza na prehodih. Nastavke vseh treh oltarjev je izdelal kranjski mizar Jožef Waldner, kiparsko pa jih je opremil njegov sokrajan Valentin Vrbnik. Polihromacijo in pozlato je izvedel Peter Janežič, kot priča ob zadnji obnovi leta 2007 odkrit napis na glavnem oltarju. K baročni opremi sodita tudi prižnica iz leta 1769 in slika bičanega Kristusa ob stebru. Iz 19. stoletja izvirata osrednji sliki stranskih oltarjev, ki ju je ustvaril France Bizjak leta 1868, ter freska Janeza Krstnika na pročelju cerkve in križev pot istega slikarja. Rojstvo Janeza Krstnika se praznuje 24. junija, praznik njegovega mučeništva pa 29. avgusta, kar dodatno poudarja pomen tega svetnika za lokalno skupnost in cerkev.